1. e-mail ban。
URL banを参考にしてe-mailでbanできるようにした。（参考:blog.bulknews.netさん)
→これでも結構効果はある。

2. Comment script名変更。
それでもSPAM toolを使った大量爆撃には対応できないので、Comment scriptのリネームで対応した。
(手順)
1:サーバ上にあるmt-comments.cgiを任意の名前でリネーム。
2:mt.cfgの中ほどにあるDefaultScriptのCommentScriptに先ほどリネームしたものを設定して、サーバにUP。
3:再構築。
(参考:gaspanik.comさん)

これで対応できればいいんですけどね。
やっぱりサーバ引越し兼ねてMT3.0系にしようかなぁと思案中です。