で、よくよく考えてみると、ウチのサイトのindex.htmlにはComment CGIへのリンクがないんです。
また、サイト内で運営している他のweblogのindex.htmlの位置は、ホームの位置から3階層目にあるんです。
(http://www.loungelabel.com/mt/xxxxxxxx/index.htmlという感じ)

もしかしたらコメントスパムスクリプトの機能は
・index.htmlからComment CGIのリンクを抽出
・検索するアドレスは、サイトトップおよびmtフォルダのみ
ではないかなぁと推測しています。

いずれにせよ、被害を受けないように祈るばかりです。